На сегодняшний день нет единого мнения ни о том, для чего город был построен, ни о том, почему он был оставлен. По разным мнениям, Мачу-Пикчу мог быть резиденцией правителей Империи Инков, астрономической обсерваторией, священным местом для проведения обрядов или городом с военно-оборонительным значением.
Все строения в Мачу-Пикчу созданы без связующего раствора, путем тщательного обтесывания камней и плотной подгонки их друг к другу. Несмотря на регулярные для Перу землетрясения, Мачу-Пикчу сохранился практически в первозданном виде. Это добавило загадочности древнему городу: как несколько веков назад без современных технологий инки смогли создать на высоте огромный архитектурный комплекс с такой устойчивостью?
При этом в городе не было обнаружено и разрушений, которые могли возникнуть в результате нападения испанских колонистов. По одной версии, жители покинули Мачу-Пикчу из-за истощения источника воды, по другой — в результате прекращения поставок продовольствия из-за испанской колонизации, по третьей — из-за ухода большей части населения на борьбу с захватчиками. Возможно, загадки Мачу-Пикчу не будут разгаданы никогда.